A diarreia pode ser classificada de acordo com sua duração em aguda, persistente ou crônica. Mais de 90% dos casos de diarreia aguda têm etiologia infecciosa, geralmente viral, e a maioria é leve e autolimitada; já a diarreia crônica apresenta principalmente causas não infecciosas e exige investigação mais ampla.
Quanto ao mecanismo, pode ser secretória, osmótica ou disabsortiva. A secretória persiste mesmo durante o jejum, enquanto a osmótica desaparece quando o agente causador é retirado ou durante o jejum; a disabsortiva está relacionada à má absorção de gorduras e pode causar esteatorreia, com fezes volumosas, gordurosas e de odor fétido.