Embora a característica clínica mais marcante do transtorno bipolar seja o humor patologicamente elevado, este geralmente não constitui o estado de humor predominante da doença bipolar. A maioria dos pacientes com transtorno bipolar gasta muito mais tempo em episódios depressivos, incluindo sintomas depressivos subclínicos, sendo a depressão bipolar a responsável pela maior parte da morbidade e mortalidade da doença.
O tratamento farmacológico da depressão bipolar consiste principalmente da combinação de pelo menos dois fármacos, incluindo estabilizadores do humor (lítio e anticonvulsivantes), antipsicóticos atípicos, e antidepressivos. Os antidepressivos são os medicamentos mais prescritos, mas as recomendações das diretrizes, baseadas em evidências, não são conclusivas e não apoiam abertamente o seu uso. Entre os antidepressivos, existe melhor evidência para o uso da fluoxetina, mas em combinação com olanzapina. Embora algumas diretrizes recomendem o uso de inibidores seletivos da recaptação de serotonina ou a bupropiona em combinação com agentes antimaníacos como tratamento de primeira escolha, outras não o fazem, com base em evidências disponíveis.
Entre os anticonvulsivantes, o uso da lamotrigina é integralmente recomendada como uma escolha de primeira linha, mas estudos com monoterapia na fase aguda obtiveram falha. O valproato é geralmente mencionado como um tratamento de segunda linha. A monoterapia com lítio também é sugerida pela maioria das diretrizes como um tratamento de primeira linha, mas sua eficácia no uso agudo não é totalmente clara.
Entre os antipsicóticos atípicos, a quetiapina, em monoterapia ou como tratamento adjuvante, é recomendado pela maioria das diretrizes como uma escolha de primeira linha. Monoterapia com olanzapina também é sugerido por alguns guidelines e é aprovado no Japão. Armodafinil, pramipexol, quetamina e lurasidone são as propostas mais recentes.
O tratamento a longo prazo no transtorno bipolar é fortemente recomendado, mas as diretrizes não sugerem o uso de antidepressivos como tratamento de manutenção. Lítio, lamotrigina, valproato, olanzapina, quetiapina e aripiprazol são as opções de primeira linha recomendados para a manutenção.