O processo de formação do sistema digestório envolve a migração de células e sua diferenciação. Em grande parte, as células da crista neural são as responsáveis por formar a face, contribuindo para a origem de ossos e cartilagens. O mesoderma, por sua vez, originará músculos da face, enquanto o ectoderma superficial dará origem ao epitélio.
Problemas na proliferação, migração ou diferenciação das células da crista se enquadram como neurocristopatias e podem comprometer seriamente a formação da face. Os processos palatinos, no momento da fusão de seus epitélios, possuem expressão de TGF-beta3, que induz a apoptose desse epitélio e formação de uma plataforma homogênea de mesênquima. Caso isso não aconteça, a costura epitelial não desaparece, sendo o que gera a fenda palatina.